po pierwsze: nie ma sensu usuwać starych plików, lepiej zmienić ich nazwę w razie czego (czyli zamiast kasowac jester.dff zmieniasz nazwe na jester{backup}.dff czy coś w ten gust), po drugie: czy po wgraniu nowych plików robisz Rebuild Archive? chyba nie, a to moze byc przyczyna problemów.